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Piloto
Preguntas más frecuentes sobre el piloto «Sube al árbol»
¿POR QUÉ PARTICIPAR EN EL PILOTO?

PhylomeDB es una herramienta muy potente, que sirve de base para realizar trabajos de investigación reales, originales, completos, extensos y relevantes. Para ello, se debe entender cómo funciona la propia herramienta, pero también hay que escoger cuál va a ser el objetivo del trabajo y, por tanto, qué proteínas se van a utilizar y qué información se va analizar.

Evidentemente, se puede utilizar de manera libre, pero recomendamos participar en el piloto que organizamos para el curso 2016-2017. En el piloto se ofrece asesoramiento tanto en la elección del objetivo como del uso de la herramienta, por parte de los investigadores del CRG responsables de la misma.

¿CÓMO FUNCIONA EL PILOTO?

Tras la inscripción al piloto, se procederá a seleccionar los candidatos que se ajusten a los criterios de selección.

Los participantes se reunirán en un taller presencial, el 21 de noviembre de 2016 en el que se explicará tanto el funcionamiento de la herramienta como algunos de sus posibles usos en el aula. Esta sesión de trabajo incluirá un taller de co-diseño de las posibles ideas para realizar trabajos de investigación por parte de los profesores, los investigadores y los expertos de Eduscopi.

Los docentes madurarán el trabajo con sus alumnos y recibirán una asesoría final sobre el objetivo del trabajo.

Al final del piloto, se evaluarán los diferentes trabajos generados, los cuales optarán a un premio: una estancia de verano en un laboratorio del CRG.

¿QUIÉN PUEDE INSCRIBIRSE?

Docentes de bachillerato, de institutos de Cataluña, que dirijan trabajos de investigación.

Las plazas son limitadas (15 participantes como máximo).

En la elección de los participantes se tendrá en cuenta el interés y la experiencia previa en otros proyectos innovadores.

¿CÓMO PUEDO INSCRIBIRME?

La inscripción se realizará a partir de un formulario web.

Se establece como fecha límite de inscripción el 31 de octubre de 2016.

¿QUÉ BENEFICIOS OBTENGO?

Formación en el uso de la herramienta.

Asesoría por parte de investigadores del CRG en la elección del objetivo del trabajo.

Posibilidad de obtener un premio al mejor trabajo de investigación (premiado con una estancia durante el verano en un laboratorio del CRG para la alumna o el alumno autores del trabajo).

¿A QUÉ SE COMPROMETEN LOS PARTICIPANTES?

A dirigir, como mínimo, un trabajo de investigación en el que se utilice la herramienta PhylomeDB.

A participar en el taller inicial.

A comunicar a los organizadores el objetivo del trabajo de investigación.

A rellenar los formularios de seguimiento que desde la organización se les pida.

Calendario

31/10/2016: Fin del periodo de inscripciones

21/11/2016: Taller inicial

Febrero de 2017: Reuniones de seguimiento personalizado

Marzo de 2017: Formularios de seguimiento

Junio de 2017: Entrega de los trabajos de investigación o de los informes de progreso

Última semana de junio de 2017: Selección del ganador

Periodo de inscripción cerrado
Gracias a las 50 personas inscritas.
Gracias por vuestra confianza.
PhylomeDB
Los trabajos de investigación de este piloto utilizarán la herramienta Phylome DB



¿Qué es?
Es una base de datos que contiene, de manera pública y abierta, toda la información de las relaciones evolutivas entre una enorme cantidad de proteínas de diferentes especies.

De manera más concreta, se trata de una base de datos donde se almacenan árboles filogenéticos, que es la manera de representar la historia evolutiva de una familia de genes que codifican proteínas. La base de datos está organizada en “filomas” que son colecciones completas de historias evolutivas de todos los genes de un organismo y sus parientes en otras especies.

¿Qué nos permite?
Al buscar una proteína en PhylomeDB obtenemos una representación de las relaciones evolutivas entre ella y sus homólogas en otras especies.

Esta relación se ofrece en forma de árbol interactivo con una enorme cantidad de información disponible con solo un clic.


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¿Por qué utilizarla en un trabajo de investigación?
PhylomeDB constituye una magnífica base para realizar trabajos de investigación novedosos, basados en el uso de herramientas abiertas y públicas.

A partir de la gran cantidad de información, muchas veces poco explorada, contenida y generada por esta herramienta se pueden realizar investigaciones reales y originales.

Los datos han sido generados automáticamente y analizados como parte de estudios globales, pero la inmensa mayoría de los árboles filogenéticos en phylomeDB nunca ha sido explorado al detalle de forma manual. Así que es un filón donde observar y descubrir cosas que no ha visto nadie, y que pueden saltar a la vista de un ojo entrenado. En esta página encontrarás una guía de uso que te ayudará a entrenarte en la exploración de estos datos. Además, si participas en el piloto, se realizará un taller en el que, entre otros, se explicará cómo utilizar la herramienta.

¿Qué investigaciones puedo llevar a cabo?
La búsqueda de las relaciones filogenéticas existentes de una proteína concreta puede servir como base de otras investigaciones. Se pueden tratar de responder diferentes preguntas como, por ejemplo:
Ejemplo 1
¿El árbol de relaciones entre proteínas corresponde a un posible árbol evolutivo de las especies presentes?
¿Cuál es la especie evolutivamente más alejada que presenta un homólogo a esta proteína?
¿Qué papel desarrolla la proteína en dos especies muy alejadas evolutivamente?
¿Se conserva su función?
Ejemplo 2
Si comparamos los árboles de dos proteínas, una con una función esencial para la supervivencia y duplicación de la célula, por ejemplo, y otra con funciones no tan primordiales, ¿observamos diferencias en los cambios acumulados entre ellas?
¿Se pueden cuantificar?
¿Dónde se detectan los mayores cambios?
Ejemplo 3
¿Hay proteínas que han cambiado a mayor o menor velocidad en uno o unos pocos organismos con respecto a los demás?
¿Qué implicaciones puede tener para su biología?
Ejemplo 4
¿Encuentras indicaciones de que algún gen ha “saltado” de una especie a otra evolutivamente distante?
Ejemplo 5
¿Existen organismos relacionados en que dicha proteína se haya perdido?
Si es así, ¿Esa función es realizada por otra proteína o el organismo es totalmente incapaz de ello?
¿Cuál puede ser la razón evolutiva para que se produzca esa pérdida?
Ejemplo 6
¿Las proteínas homólogas entre diferentes especies mantienen los dominios conservados identificados?
Si hay grandes diferencias, ¿se refleja en la función de esas proteínas en esas especies?
¿Se han realizado estudios al respecto?
Ejemplo 7
¿Se ha producido algún evento de duplicación durante la historia evolutiva de esta proteína?
¿Qué funciones realizan las proteínas derivadas de esta duplicación?
¿Existen cambios en la función de la protein antes y después de su duplicación?
¿Se puede establecer una familia de proteínas relacionadas?
Ejemplo 8
Puedes explorar la historia de algún gen concreto que cumpla una función importante y que conozcas. O pensar cambios evolutivos que se deben reflejar en la historia de los genes.
Por ejemplo, los primates pueden ver más colores que la mayor parte de mamíferos.
¿Puedes ver algún cambio evolutivo en las proteínas fotorreceptoras que usamos para ver colores?
Guía de Phylome DB
Conoce más cómo utilizar esta herramienta mediante la guía realizada para este piloto.

Puedes también descargarte los ejercicios del taller.

Accede a la guía
Organizadores
¿Quién organiza este piloto?

CRG

  • Toni Gabaldón Estevan
  • Laia Carreté Muñoz
  • Marina Marcet-Houben
  • Cinta Pegueroles Queralt
  • Irene Julca Chávez
  • Veronica De Pinho
  • Salvador Capella Gutiérrez
  • Miguel Angel Naranjo Ortiz

Eduscopi

  • Salva Ferré Benedicto
  • Toni Pou
Contacto
De manera provisional, puedes contactar con la organización a través de:
pujaalarbre@eduscopi.com